Elk document dat via Certyneo is ondertekend, wordt voorzien van een tijdstempel volgens de norm RFC 3161 door een derde tijdstempelautoriteit, en de vingerafdruk ervan wordt in het bewijzenbestand verzegeld, naast het auditspoor (identiteit, IP, OTP). De ondertekeningsdatum kan dus door een derde worden geverifieerd, en elke wijziging van het document kan worden opgespoord.
Deze RFC 3161-tijdstempel is geen gekwalificeerde tijdstempel. Alleen deze laatste, afgegeven door een gekwalificeerde vertrouwensdienstaanbieder (QTSP), geniet het vermoeden van juistheid van datum en tijd zoals bepaald in artikel 41 van eIDAS. Voor een gekwalificeerde handtekening (QES) plaatst de gekwalificeerde aanbieder zijn eigen tijdstempel in de PDF.