A mechanizmus két pilléren nyugszik: az aláíró hitelesítésén és a dokumentum integritásán.
Az aláíró hitelesítéséhez egy vagy több azonosítási tényezőt használunk: megbízható e-mail cím (egyszer használatos hivatkozás), SMS-ben kapott OTP-kód, személyes kriptográfiai tanúsítvány stb. Az integritás garantálásához a dokumentumról az aláíráskor egy lenyomatot (hash) számítunk. Ha a dokumentumot később módosítják, a lenyomat nem egyezik — az aláírás így érvénytelenné válik.
Az olyan megoldásokban, mint a Certyneo, a folyamat PDF-feldolgozó könyvtárakra támaszkodik, amelyek ezeket a kriptográfiai metaadatokat közvetlenül a fájlba integrálják. Egy időbélyegzett audit napló (műveleti napló) egészíti ki a rendszert, minden lépést rögzítve: küldés, megnyitás, OTP-ellenőrzés, aláírás stb.
Műszaki szempontból több biztonsági mechanizmus erősíti a folyamat sérthetetlenségét: a minősített időbélyeg (RFC 3161) tanúsított időbizonyítékot helyez minden aláírásra; a TLS 1.3 titkosítás az adatokat átvitel közben védi; az aláíró földrajzi helyzete és IP-címe rögzítésre kerül a nyomon követéshez; végül bizonyos folyamatokban (AES/QES) viselkedési biometrikus adatok (gépelési sebesség, nyomás) kiegészítik az identitás ujjlenyomatát.
A nem-megtagadhatóság fogalma központi: az időbélyeggel ellátott és kriptográfiailag aláírt audit trail révén műszakilag lehetetlen, hogy az aláíró ne tagadja meg az aláírást a bizonyítéklánc hamisítása nélkül. Az archiválás terén a francia szabályozás (2016-1673 dekrétum) a legtöbb kereskedelmi okirat tekintetében 10 éves megőrzést írja elő — a Certyneo ezt az archiválást biztosítja bizonyító értékkel szuverén (EU) tárolásban.