Mekanismi perustuu kahteen pilariin: allekirjoittajan tunnistukseen ja asiakirjan eheyteen.
Allekirjoittajan tunnistamiseen käytetään yhtä tai useampaa tunnistustekijää: luotettu sähköpostiosoite (kertakäyttöinen linkki), SMS:llä vastaanotettu OTP-koodi, henkilökohtainen kryptografinen varmenne jne. Eheyden takaamiseksi lasketaan asiakirjan tiiviste (hash) allekirjoitushetkellä. Jos asiakirjaa muutetaan myöhemmin, tiiviste ei enää vastaa — allekirjoitus mitätöityy.
Certyneon kaltaisissa ratkaisuissa prosessi perustuu PDF-käsittelykirjastoihin, jotka integroivat nämä kryptografiset metatiedot suoraan tiedostoon. Aikaleimattu tarkastusjälki (toimintaloki) täydentää järjestelmää kirjaamalla jokaisen vaiheen: lähetys, avaaminen, OTP:n vahvistus, allekirjoitus jne.
Teknisestä näkökulmasta useita tietoturvamekanismeja vahvistaa prosessin muuttumattomuutta: hyväksytty aikaleima (RFC 3161) asettaa sertifioidun aikaleiman jokaiselle allekirjoitukselle; TLS 1.3 -salaus suojaa siirtyvää dataa; allekirjoittajan maantieteellinen sijainti ja IP-osoite kirjataan jäljitettävyyden vuoksi; lopuksi joissakin prosesseissa (AES/QES) käyttäytymisen biometriset tiedot (kirjoituksen nopeus, paine) täydentävät identiteetin sormenjälkeä.
Kiistonalaistamisen mahdottomuuden käsite on keskeinen: aikaleimalla varustetun ja kryptografisesti allekirjoitetun tarkistuspolun ansiosta on teknisesti mahdotonta, että allekirjoittaja voisi kiistää asiakirjan allekirjoittamisen muuttamatta todistusten ketjua. Arkistoinnin osalta Ranskan lainsäädäntö (asetus 2016-1673) määrää 10 vuoden säilyttämisen useimmille kaupallisille dokumenteille – Certyneo varmistaa tämän arkistoinnin todistusvaikutuksella EU:n alueella sijaitsevassa palvelimessa.