Daňová kontrola: práva a povinnosti společnosti
Aktualizováno
Autor — Certyneo · O Certyneo

Daňová kontrola není vyjednáváním, ale zároveň není ani jednosměrným procesem. Správce daně disponuje rozsáhlými pravomocemi; podnik má naopak záruky, jejichž nedodržení vede k neplatnosti řízení. Znát tyto záruky před zahájením kontroly, nikoli až v jejím průběhu, ovlivní výsledek spolehlivěji než jakýkoli věcný argument.
Tři formy kontroly, tři režimy
Kontrola z kanceláře probíhá z kanceláří správce daně na základě podaných přiznání. Vede k žádostem o informace, vysvětlení nebo doložení. Tyto žádosti nejsou bezvýznamné: některé zakládají lhůtu pro odpověď, jejíž marné uplynutí umožňuje stanovit daň z moci úřední.
Kontrola účetnictví probíhá v prostorách podniku a týká se celého účetnictví. Jde o nejnáročnější formu kontroly, která zároveň poskytuje daňovému subjektu nejvíce záruk.
Přezkum účetnictví je střední formou kontroly, prováděnou na dálku na základě souboru účetních zápisů, který podnik předá. Vyhne se tak fyzické přítomnosti na místě, přestože se týká stejných prvků.
Záruky před zahájením kontroly
Kontrola účetnictví nemůže začít bez předchozího zaslání oznámení o kontrole. Toto oznámení uvádí roky, na které se kontrola vztahuje, dotčené daně a informuje podnik o možnosti nechat se zastupovat poradcem dle vlastního výběru.
Dva praktické důsledky:
- Podnik musí mít k dispozici přiměřenou lhůtu mezi doručením oznámení a prvním úkonem, aby mohl toto zastoupení zorganizovat. Příliš rychlý zásah představuje procesní vadu.
- Uvedení možnosti nechat se zastupovat je podstatnou náležitostí. Její opomenutí vede k neplatnosti řízení.
K oznámení je přiložena charta práv a povinností kontrolovaného daňového subjektu, jejíž některá ustanovení jsou vůči správci daně vymahatelná.
Průběh kontroly a ústní jednání
Kontrola na místě předpokládá ústní a kontradiktorní jednání s kontrolorem. Nejde o pouhou zdvořilostní formalitu: jeho neuskutečnění je důvodem neplatnosti. Konkrétně musí mít podnik možnost vyjádřit se k prověřovaným bodům dříve, než jsou stanoveny závěry.
Délka kontroly na místě je omezena na tři měsíce u podniků, jejichž obrat nepřekračuje určité prahové hodnoty. Tento limit chrání malé subjekty před kontrolou, která by se donekonečna protahovala; v některých situacích se neuplatní, zejména v případě závažných účetních nesrovnalostí.
Podnik musí ze své strany předložit požadované účetní doklady a odevzdat svůj soubor účetních zápisů v elektronické podobě. Nepředložení tohoto souboru nebo jeho nesoulad s požadovaným formátem je sankcionováno pokutou a oslabuje celou pozici podniku – právě zde se ukáže, zda se kvalita předchozích dokumentačních procesů vyplatí, jak dokládá požadavek na spolehlivou auditní stopu.
Návrh na doměření daně a lhůty pro odpověď
Po skončení kontroly správce daně oznámí buď potvrzení o tom, že k doměření nedojde, nebo návrh na doměření daně. Tento dokument musí být odůvodněn: uvádí zamýšlená doměření, jejich právní základ a výši, a to dostatečně přesně, aby umožnil smysluplnou odpověď. Nedostatečné odůvodnění je samo o sobě napadnutelné.
Podnik má lhůtu třicet dní na odpověď, kterou lze prodloužit o dalších třicet dní na jednoduchou žádost. Toto prodloužení je nárokové: požádat o ně je téměř vždy užitečné, už jen kvůli přípravě podložené odpovědi.
Mlčení po dobu této lhůty se považuje za mlčky učiněné přijetí doměření. Jde o nejnákladnější a nejčastější chybu, neboť je nevratná co do samotného principu doměření.
Opravné prostředky po odpovědi
Pokud neshoda přetrvává, otevírá se postupně několik úrovní a lze projít všemi z nich:
- Hierarchický opravný prostředek u nadřízeného pracovníka kontrolora.
- Podání k oblastnímu zprostředkovateli, vyšší instanci.
- Podání ke komisi pro přímé daně a daně z obratu, příslušné k posuzování skutkových otázek — její stanovisko není závazné, ale má váhu.
- Sporná stížnost, poté podání k příslušnému soudu.
Tyto opravné prostředky se navzájem nevylučují a nepozastavují vymáhání daně, s výjimkou žádosti o odklad platby, která může být podmíněna poskytnutím záruk.
Sankce: co odlišuje omyl od porušení povinnosti
Konečná výše závisí méně na samotném doměření než na zvolené kvalifikaci jednání.
Úrok z prodlení se uplatní ve všech případech: kompenzuje finanční újmu způsobenou státní pokladně a nemá povahu sankce. K němu se podle prokázaného chování přidávají:
- Navýšení v případě úmyslného porušení povinnosti, pokud správce daně prokáže úmysl.
- Výrazně vyšší navýšení v případě podvodných jednání nebo zneužití práva.
- Specifická navýšení v případě nepodání nebo opožděného podání přiznání.
Hranice mezi omylem v dobré víře a úmyslným porušením povinnosti se posuzuje podle konkrétních skutečností: opakující se povaha, výše částek, existence dřívějších upozornění. Pečlivě vedené účetnictví, v němž jsou odpisy a rezervy jednotlivě doloženy, svědčí ve prospěch dobré víry mnohem účinněji než jakékoli prohlášení o úmyslu.
Scénáře použití
Doručení oznámení o kontrole. Ihned zkontrolovat tři věci: dotčené roky, lhůtu do prvního úkonu a uvedení možnosti nechat se zastupovat. Informovat poradce před prvním setkáním, nikoli až po něm.
Doručený návrh na doměření daně. Systematicky žádat o prodloužení lhůty o třicet dní a poté odpovědět bod po bodu s doložením podkladů. Mlčení znamená přijetí.
Přetrvávající neshoda. Postupovat opravnými prostředky v pořadí, žádný nevynechávat: každá úroveň je příležitostí k novému posouzení a komise pro daně se užitečně vyjadřuje ke skutkovým otázkám.
Časté dotazy
Může správce daně provést kontrolu bez předchozího upozornění? Kontrola účetnictví předpokládá předchozí oznámení a dostatečnou lhůtu. Kontrola z kanceláře naproti tomu probíhá bez fyzického zásahu na místě a projevuje se písemnými žádostmi.
Kolika let se kontrola týká? Obecná prekluzivní lhůta se vztahuje na tři předchozí zdaňovací období, přičemž v některých situacích je prodloužena, zejména v případě skryté činnosti.
Lze se nechat zastupovat? Ano, poradcem dle vlastního výběru. Oznámení o kontrole musí tuto možnost uvádět a její opomenutí vede k neplatnosti řízení.
Jaká je lhůta pro odpověď na návrh na doměření daně? Třicet dní, prodloužitelných o dalších třicet dní na jednoduchou žádost. Mlčení znamená přijetí navrhovaného doměření.
Pozastavuje hierarchický opravný prostředek platbu? Ne. Vymáhání pozastaví pouze žádost o odklad platby, která navíc může být podmíněna poskytnutím záruk.
Jak se vyhnout navýšení za úmyslné porušení povinnosti? Prokázáním dobré víry, což se připravuje předem: úplné podklady, doložené postoje, konzistence v čase. Jde o práci se spisem, nikoli o argumentaci.
Co si zapamatovat
O výsledku kontroly rozhodují tři okamžiky. Doručení oznámení, kdy se ověřují formální záruky – dostatečná lhůta, uvedení možnosti nechat se zastupovat – jejichž nedodržení činí celé řízení vadným. Průběh kontroly, který předpokládá skutečné ústní a kontradiktorní jednání. A třicetidenní lhůta po doručení návrhu na doměření daně, prodloužitelná, jejíž tiché uplynutí znamená přijetí.
Před těmito třemi okamžiky zůstává nejlepší ochranou kvalita podkladů, což je téma rozvedené v našem článku o podnikovém zdanění. Kontrola se nevyhrává argumentací: vyhrává se spisem připraveným ještě předtím, než začne.
Vyzkoušejte Certyneo zdarma
Odešlete svou první podpisovou obálku za méně než 5 minut. 5 obálek zdarma měsíčně, bez platební karty.
Prohloubení tématu
Referenční články k tomuto tématu.
Související nástroje Certyneo
Přejdi od čtení k akci pomocí nástrojů, které jsou vestavěny do platformy.
Prohloubení tématu
Naše kompletní průvodce pro zvládnutí elektronického podpisu.
Pokračujte v čtení o Regulace
Prohlubujte své znalosti s těmito souvisejícími články.

Elektronická plná moc: legalita, zmocněnec a reprezentace
Elektronická plná moc umožňuje svěřit právně závazný mandát reprezentace bez papíru. Objevte pravidla, rizika a osvědčené postupy pro rok 2026.

Elektronický podpis a soulad s HIPAA v roce 2026
Elektronický podpis revolucionizuje toky lékařských dokumentů, ale ukládá přísné požadavky na ochranu údajů pacientů. Zjistěte, jak sladit účinnost se soulad s HIPAA.

Elektronický podpis jako právní důkaz v soudním sporu
Skutečně se elektronický podepsaný kontrakt obstojí před francouzským soudem? Kompletní rozbor důkazní hodnoty elektronického podpisu v případě soudního sporu.